Podatkovni centri imajo svoje korenine v velikih računalniških prostorih iz 40-ih let prejšnjega stoletja, ki jih tipizira ENIAC , eden prvih primerov podatkovnega centra. Zgodnji računalniški sistemi, zapleteni za delovanje in vzdrževanje, so potrebovali posebno okolje, v katerem naj delujejo. Mnoge kable so bile potrebne za povezavo vseh komponent, zato so bile zasnovane metode za njihovo namestitev, kot so standardni nosilci za montažo opreme, dvignjenih tleh in kabelskih pladnjev (nameščenih nad glavo ali pod nadstropje). En sam mainframe je zahteval veliko moči in ga je bilo treba ohladiti, da bi se izognili pregrevanju. Varnost je postala pomembna - računalniki so bili dragi in so se pogosto uporabljali v vojaške namene. Zato so bile oblikovane osnovne smernice za nadzor dostopa do računalniške sobe.
Med razcvetom mikroračunalniške industrije in še posebej v osemdesetih letih so uporabniki začeli razporejati računalnike povsod, v mnogih primerih z malo ali brez skrbi glede obratovalnih zahtev. Vendar pa so se postopki informacijske tehnologije (IT) začeli povečevati v kompleksnosti, organizacije pa so se zavedle potrebe po nadzoru informacijskih virov. Pojav Unixa iz zgodnjih sedemdesetih je pripeljal do nadaljnjega širjenja prosto dostopnih Linux- kompatibilnih operacijskih sistemov za osebne računalnike v devetdesetih letih prejšnjega stoletja. Ti so bili imenovani » strežniki «, saj so časovni operacijski sistemi, kot je Unix, močno odvisni od modela odjemalca in strežnika, da bi olajšali skupno rabo edinstvenih virov med več uporabniki. Razpoložljivost poceni omrežne opreme, skupaj z novimi standardi za mrežno strukturirano kable , je omogočila uporabo hierarhičnega oblikovanja, ki postavlja strežnike v določeno sobo v podjetju. Uporaba izraza "podatkovni center", ki se uporablja za posebej zasnovane računalniške prostore, se je v tem času začela popularno prepoznavati. [ citation needed ]
Razcvet podatkovnih centrov je prišel med dot-com balonom 1997-2000. Podjetja so potrebovala hitro internetno povezljivost in neprekinjeno delovanje za namestitev sistemov in vzpostavitev prisotnosti na internetu. Namestitev takšne opreme ni bila izvedljiva za številna manjša podjetja. Mnoga podjetja so začela graditi zelo velike objekte, imenovane internetne podatkovne centre (IDC), ki komercialnim strankam zagotavljajo vrsto rešitev za uvajanje in delovanje sistemov. Nove tehnologije in prakse so bile zasnovane tako, da obravnavajo obseg in operativne zahteve takih obsežnih operacij. Te prakse so se sčasoma selile v zasebne podatkovne centre in so bile v veliki meri sprejete zaradi njihovih praktičnih rezultatov. Podatkovni centri za računalništvo v oblaku se imenujejo oblak podatkovni centri (CDC-ji). Toda danes je delitev teh izrazov skoraj izginila in se vključila v izraz "podatkovni center".
S povečanjem uporabe računalništva v oblaku , poslovne in vladne organizacije bolj pregledujejo podatkovne centre na področjih, kot so varnost, razpoložljivost, vpliv na okolje in upoštevanje standardov. Dokumenti o standardih akreditiranih strokovnih skupin, kot je združenje telekomunikacijske industrije , določajo zahteve za oblikovanje podatkovnega centra. Dobro znane operativne meritve za razpoložljivost podatkovnega centra lahko služijo ocenjevanju komercialnega učinka motenj. Razvoj se nadaljuje v operativni praksi, pa tudi v okolju prijaznem oblikovanju podatkovnega centra. Podatkovni centri običajno veliko stanejo za gradnjo in vzdrževanje